作为一名自来水用户翻到了大佬自创R包画火山图真正实现了一行代码画出火山图。我花了10分钟学会了如何用那就再花30分钟写一篇如何用吧。以此向大佬致敬。一、安装和试用#install.packages(devtools)devtools::install_github(BioSenior/ggVolcano)先直接用devtools::install_github(“BioSenior/ggVolcano”)安装试试如果安装报错或安装不上把devtools安装上即运行install.packages(“devtools”)如果还有问题那么就需要自行百度根据具体问题具体解决了。安装成功后运行library(ggVolcano)## basic example code# load the datadata(deg_data)# use the function -- add_regulate to add a regulate column# to the DEG result data.data-add_regulate(deg_data,log2FC_namelog2FoldChange,fdr_namepadj,log2FC1,fdr0.05)# plotggvolcano(data,xlog2FoldChange,ypadj,labelrow,label_number10,outputFALSE)这四步都能运行出来那么恭喜你距离成功又进了一步。二、使用细节写前我不得不多说一句。其实作为用户一般报错都是因为细节没注意到位或者说是没有按照R包的说明来使用R包进入正题。画图前你肯定有这么个数据集。我这个是csv格式的文件其实不论有几列用这个R包画火山图的核心在于有ID列即基因名log2FoldChange列和padj列其他的有没有都不重要。读取数据集data1-read.csv(user_ 4M _vs_ CK .csv)#txt格式的就用#data1 - read.table(all_counts.txt,header T)用add_regulate()函数添加regulate列判定基因属于DownNormal还是Updata-add_regulate(data1,log2FC_namelog2FoldChange,fdr_namepadj,log2FC1,fdr0.05)这里我觉得只有一个细节值得说就是log2FC_name和fdr_name这两个引号里的内容是你的原数据里对应的列名。如果一样就照搬代码如果不一样比如有些log2FoldChange在原数据里写的是”log2FC“那么这里的代码就是log2FC_name “log2FC”或者更推荐的办法是直接进入原数据把对应列名改成log2FoldChange。画图ggvolcano(data,xlog2FoldChange,ypadj,labelID,label_number0,outputFALSE)这里的label是根据个人数据的基因列名改的我的是IDlabel_number 0我设成了0因为我不需要在火山图里展示基因名这里的数字个数就是展示的基因名个数。稍微改动换个颜色ggvolcano(data,xlog2FoldChange,ypadj,labelID,label_number0,outputFALSE,fillsc(#357EBDFF,#B8B8B8FF,#D43F3AFF),colorsc(#357EBDFF,#B8B8B8FF,#D43F3AFF))颜色顺序从左到右对应的是DownNormal和Up.成图如下其他细节换图例位置用但是换到哪都是在图内显示legend_position#the position of legend. You can choose one from UL – Up Left, UR – Up Right, DL – Down Left, DR – Down Right可以改x或y轴名称图例名称点的大小和性状pointSize size of the point. pointShape shape of the point. x_lab label of x-axis. y_lab label of y-axis. legend_title title of the legend.这些都是查看函数的帮助信息看到的直接运行看更多细节调整ggvolcano但是好像无法直接改横纵坐标的尺度比如x轴当下是0510。我想改成0246810该如何改动呢。【更新】最近遇到一个火山图画出来后左右横坐标不对称比如从 -20到5因为默认坐标是根据log2FC的值画出来的。所以当图的横坐标不对称时看起来就不太美观。但是ggvolcano的底层逻辑是用ggplot2画出来的所以可以直接在原代码基础上给横坐标限制范围即ggvolcano()xlim(-30,30)# 限制横坐标在 -30 到 30 之间遇到过的报错/警告① 一个报错Errorindata$label[order(data$y)[1:label_number]]-data$geneName[order(data$y)[1:label_number]]:replacement has length zero这里是由于label “row”没改成我的列名label“ID”② 一个警告Warning message:ggrepel:9unlabeled data points(too many overlaps). Consider increasing max.overlaps这里是由于我的基因名太长导致展示时有很多重叠所以有个Warning我把abel_number 设成0就没有警告了。其实不管也不影响图的输出。写完了其实使用还是非常简单的按照作者的教程来就行。更多高阶用法看原博主再肝一个R包一行代码绘制精美火山图如果大家还遇到什么报错欢迎补充和描述最后的解决办法。最后致敬大佬感谢大佬