Science Skills药物化学技能集ChEMBL、PubChem与openFDA如何驱动AI智能体完成药物研发数据查询【免费下载链接】science-skillsGDM Science Skills to speed up agentic scientific workflows with better grounding and higher token efficiency. Integrate insights from AlphaGenome, AFDB, UniProt and 30 other databases and tools.项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sc/science-skillsScience Skills是谷歌 DeepMind 开源的科学智能体技能集其中ChEMBL、PubChem、openFDA三大药物化学技能可以让 AI 智能体直接完成分子结构检索、生物活性数据IC50/Ki查询、化学品安全信息获取和 FDA 不良反应统计等药物研发数据查询任务——你只需要用自然语言提问无需自己写 API 调用代码。 一套技能集覆盖三大数据库做药物研发数据查询的传统方式是分别对接多个数据库的 API、处理鉴权、限流和 JSON 解析。Science Skills 把这些工作封装成了技能Skill每个技能目录都包含三类文件智能体读取指令后就能按最佳实践操作 SKILL.md—— 给 AI 智能体的操作指令含前置条件和核心规则scripts/—— 封装好的查询脚本自动处理限流、重试、输出落盘references/—— API 参考、查询配方等文档技能数据源一句话定位你可以问智能体的问题chembl_databaseChEMBLEMBL-EBI药物靶点与生物活性数据的源头EGFR 靶点的 IC50 数据有哪些pubchem_databasePubChemNCBI化学物质的完整档案卡伊布uprofen的分子量、logP 和 GHS 危害声明openfda_databaseopenFDA美国 FDA上市后药物安全数据的账本二甲双胍报告的不良反应 Top10 是什么 项目整体结构说明见 README.md它还集成了 UniProt、AlphaGenome 等 30 其他数据库与工具。 ChEMBL 技能药物靶点与生物活性数据一步查ChEMBL 是全球最大的生物活性小分子数据库之一这个技能通过单一入口脚本 scripts/chembl_api.py 提供 9 大类查询能力。分子、靶点、活性三大核心入口分子查询按 ChEMBL ID、名称如 aspirin搜索或直接按分子量等属性过滤靶点查询按名称搜索蛋白靶点如 EGFR支持批量 ID 拉取活性数据查询 IC50、Ki、EC50 等生物活性记录--normalize参数可把不同单位nM/µM/pM统一换算为 nM方便跨研究比较结构相似性搜索与 2D 结构图相似性搜索给出一个 SMILES 字符串和相似度阈值0-100直接在服务端完成检索无需本地安装 RDKit子结构搜索查找包含指定子结构如苯环c1ccccc1的所有分子结构图下载image子命令可下载 2D 结构图SVG 矢量格式适合论文出版跨库交叉引用ChEMBL 技能可与 UniProt、PubChem 等互相打通例如用 UniProt 登录号如P00533反查 ChEMBL 靶点。完整的端点列表与 Django 风格过滤操作符__range、__flexmatch等见 references/api_endpoints.md。 PubChem 技能从化学名称到完整档案卡PubChem 是 NCBI 的化学品数据库该技能通过 scripts/pubchem_api.py 封装了 12 项能力智能体按先解析、再取数的路径完成查询。名称解析与理化性质子命令作用resolve把通用名/商品名/InChI 解析为 CID、SMILES、InChIKeyproperties获取分子量、XLogP、TPSA 等计算性质synonyms列出同义词与品牌名如商品名 Advil ↔ 通用名 ibuprofen安全、药理与结构检索safety获取 GHS全球统一制度危害声明与操作注意事项pharmacology获取 FDA 药理数据、作用机制和治疗用途similarity/substructure结构相似性与子结构搜索配合assays子命令可找出这些化合物相互作用的基因/蛋白靶点range按分子量、重原子数、XLogP 等性质区间筛选候选化合物内置查询工作流清单技能内置了面向复杂任务的操作清单见 references/workflows.md化学品完整画像名称解析 → 理化性质 → GHS 安全 → 药理信息 → 汇总成报告共 5 步结构导向的靶点发现结构相似性搜索 → 筛选 Top 5-10 个 CID → 批量查 BioAssay → 归纳共同靶点技能还有一条重要规则凡用户问具体事实智能体必须用数据库查询验证不能只靠模型记忆——这对药物研发场景至关重要。 openFDA 技能美国 FDA 不良反应与药品标签查询openFDA 提供 FDA 监管数据的开放 API该技能通过 scripts/openfda_query.py 覆盖全部 28 个端点横跨药品drug、器械device、食品food、烟草tobacco、化妆品cosmetic等 8 大类。三大命令search、count、downloadsearch按查询串检索记录如patient.drug.medicinalproduct:aspirincount对某个字段做去重计数并给出 Top-N 高频值——统计二甲双胍最常见的不良反应就用它download自动翻页批量下载单次下载有 2.5 万条的安全上限常见药物可加日期范围限流精确匹配与不良反应术语解读搜索药品名、品牌名时使用.exact后缀可得到精确匹配如openfda.brand_name.exact:ADVIL避免分词带来的噪声结果不良反应数据使用MedDRA术语Preferred Term智能体可联动 embl_ebi_ols 等本体技能查询术语的层级分类现成的查询配方NDC 查询、短缺药物、药物-药物共现、召回类型统计等 18 种都在 references/recipes.md端点与字段语法见 references/api_endpoints.mdAPI Key 与速率限制⚠️ 无 Key 时每日仅 1,000 次请求智能体一次研究会很快耗尽配置免费FDA_API_KEY后可提升至 12 万次/天。技能会调用 credentials 技能的安全凭证协议引导用户把 Key 写入.env全程不用手动操作。 三技能联动一条典型的药物研发数据查询流水线三个技能各有分工联动起来就是一条完整的从分子到上市后安全的数据流水线PubChemresolve把药物名称解析为 CID 和标准 SMILESChEMBLactivity用该结构查询靶点生物活性IC50/Ki--normalize统一单位PubChemsafety/pharmacology补充 GHS 危害声明与药理机制openFDAcount统计上市后不良反应分布、适应症分布、报告国分布openFDAsearchlabel 端点核对官方药品标签例问智能体查一下阿司匹林的靶点活性、安全信息和 FDA 不良反应 Top5它会自动按上述路径依次调用三个技能并把 JSON 结果汇总成一份带引用出处的报告。 向上延伸药物靶点基因的调控变异分析药物研发不只是查数据——当靶点基因本身存在遗传变异时还会直接影响药物疗效。Science Skills 的 AlphaGenome 技能可对靶点基因的调控变异做基因组多轨道分析。下图是APOA1脂蛋白代谢相关基因、心血管药物的经典靶点启动子区域变异的分析图同一变异的肝脏组织多轨道细节视图21 条 ChIP-seq/DNASE 轨道可见变异位点在启动子区引起局部染色质状态改变完整分析示例见 apoa1_promoter/report.md该目录还收录了剪接变异外显子跳跃、外显子扩展等更多案例。 快速上手如何一步启用三大药物化学技能一键安装在终端执行README 推荐方式npx skills add google-deepmind/science-skills/也可以先克隆仓库浏览技能源码git clone https://gitcode.com/gh_mirrors/sc/science-skills前置条件uv包管理器首次触发技能时智能体会请求批准并自动安装流程见 skills/uv/SKILL.mdAPI KeyChEMBL、PubChem 无需 Key 即可使用openFDA 强烈建议配置免费FDA_API_KEY以提升速率上限各数据源均有自己的许可条款技能首次使用时会提示用户确认并记录在.licenses/目录 核心文件速查表文件说明skills/chembl_database/SKILL.mdChEMBL 技能指令9 类查询 分页skills/chembl_database/references/api_endpoints.md端点清单与过滤操作符skills/pubchem_database/SKILL.mdPubChem 技能指令12 项能力skills/pubchem_database/references/workflows.md多步查询工作流清单skills/pubchem_database/references/endpoints.mdPUG-REST 原始端点构造参考skills/openfda_database/SKILL.mdopenFDA 技能指令28 端点skills/openfda_database/references/recipes.md18 种现成查询配方skills/openfda_database/references/api_endpoints.md查询语法、字段名与日期范围skills/credentials/SKILL.mdAPI Key 安全存储协议总结Science Skills 用指令 脚本 参考文档三件套把 ChEMBL、PubChem、openFDA 三大药物研发数据库变成 AI 智能体的随取随用工具查生物活性、看安全声明、统计 FDA 不良反应都从写代码调 API变成了一句话提问。对新手和科研团队来说这是把药物研发数据查询效率提升一个量级的实用方案 【免费下载链接】science-skillsGDM Science Skills to speed up agentic scientific workflows with better grounding and higher token efficiency. Integrate insights from AlphaGenome, AFDB, UniProt and 30 other databases and tools.项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sc/science-skills创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考