空间转录组已经能够帮助研究者观察基因表达在组织中的空间分布那么高分文章为什么还要加入或PCFCODEX这类空间蛋白组《Cancer Cell》发表的“Integrative molecular and spatial analysis reveals evolutionary dynamics and tumor-immune interplay of in situ and invasive acral melanoma”这篇肢端黑色素瘤研究给出了非常清晰的方法学答案空间转录组解决的是“候选基因表达在哪里”而PCFCODEX更适合进一步回答“对应蛋白是否表达、细胞处于什么状态、与哪些细胞相邻、是否形成特定组织微环境”。两者不是竞争关系而是空间多组学证据链中的不同环节。这篇文献首先通过基因组和转录组分析建立了研究框架。WES和LCM-WES用于分析AMis和iAM之间的演化关系bulk RNA-seq用于识别C1、C2、C3三类分子亚型scRNA-seq进一步解析肿瘤细胞状态和APOE/CD163巨噬细胞亚群。随后空间转录组用于确认C3样组织区域中EMT样肿瘤细胞与APOE/CD163巨噬细胞的空间共现并分析IGF相关通信线索。到这一步研究已经拥有了较强的转录层空间信息。但对于肿瘤微环境研究来说很多关键判断最终仍然依赖蛋白层面。巨噬细胞是否真正表达CD163和APOE肿瘤区域是否呈现EMT相关蛋白特征IGF1和IGF1R是否在相邻细胞区域中呈现可观察的蛋白表达这些问题并不能完全由mRNA表达替代。PCFCODEX的价值就在于把多种蛋白标志物同时放回FFPE组织切片中结合肿瘤细胞、免疫细胞和组织结构信息观察空间转录组提出的假设是否能在蛋白层面形成组织原位支持。空间转录组帮助研究者发现APOE/CD163巨噬细胞和EMT样区域可能相关PCFCODEX则进一步观察这些细胞是否在肿瘤区域富集、是否与EMT区域空间接近、是否伴随IGF1/IGF1R蛋白表达变化。这样研究不止停留在基因表达分布图而是进一步进入细胞身份、蛋白状态和细胞邻域层面。空间转录组提供了重要空间线索PCFCODEX进一步把这些线索转化为蛋白层面的组织原位观察。对于高分多组学文章而言PCFCODEX的加入使研究从“谁在表达哪些基因”推进到“哪些细胞以什么蛋白状态出现在什么组织位置”。这也是PCFCODEX在空间多组学研究中具有科研价值的重要原因。【本文说明】本文仅为科研技术方法介绍不涉及疾病诊断、治疗建议、疗效预测、用药指导或临床决策。文中提及研究发现均来自学术文献相关分析结果需结合更多实验和研究进一步观察与复核不构成任何医疗意见。【参考文献】Liu H, Gao J, Feng M, et al. Integrative molecular and spatial analysis reveals evolutionary dynamics and tumor-immune interplay of in situ and invasive acral melanoma.Cancer Cell. 2024;42(6):1067-1085.e11. doi:10.1016/j.ccell.2024.04.012